1. Αρμόδιο καθ ύλη δικαστήριο εκδίκασης των διαφορών από ναυτεργατικό ατύχημα είναι το Ειρηνοδικείο, αν το αιτούμενο χρηματικό ποσό δεν υπερβαίνει τα 20.000 ευρώ.

 Άνω των 20.000 ευρώ αρμόδιο είναι το Μονομελές Πρωτοδικείο (άρθρα 14 παρ1 και 16 παρ. 2 ΚΠολΔ).

2. Αρμόδιο κατά τόπο δικαστήριο είναι το δικαστήριο στην περιφέρεια του οποίου έχει την κατοικία του ο εναγόμενος, ή την έδρα της εταιρεία, ή το δικαστήριο του τόπου όπου συνέβη το ατύχημα (άρθρα 22, 25, 35 ΚΠολΔ).  

Όταν ενάγονται περισσότερα πρόσωπα αρμόδιο είναι το δικαστήριο στην περιφέρεια του οποίου έχει την κατοικία του, ή την έδρα του, οποιοσδήποτε από τους ομοδίκους (άρθρο 37 ΚΠολΔ)

3. Στην δικαιοδοσία του δικαστηρίου υπάγονται Έλληνες και αλλοδαποί, εφ όσον το ατύχημα διαπράχθηκε στην Ελλάδα (άρθρο 26 ΑΚ και άρθρο 3 ΚΠολΔ).

4. Ατύχημα που συνέβη εντός του νομού Αττικής, ή έχει την έδρα της η ναυτική εταιρεία, ή την κατοικία τους οι λοιποί υπεύθυνοι και υπάγεται στην αρμοδιότητα του Πρωτοδικείου (άνω των 20.000 ευρώ απαίτηση) δικάζεται από το Πρωτοδικείου Πειραιά από το ειδικό τμήμα «ναυτικών διαφορών» (άρθρο 51 Ν. 2172/1993). Αν η υπόθεση εισαχθεί σε άλλο Πρωτοδικείο του νομού Αττικής, ή σε άλλο τμήμα του Πρωτοδικείου, ή Εφετείου Πειραιά, παραπέμπεται στο τμήμα ναυτικών διαφορών του Πρωτοδικείου, ή Εφετείου, Πειραιά (ΕφΠειρ 988/2005, ΕφΠειρ 1/2011).